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Podrias tener apróximadamente 2000 grupos por "site collection"

Pues posiblemente estes utilizando una licencia de prueba, verifica... si es asi y no deberia contacta con microsoft. De lo contrario no queda mas que obtener una licencia valida

Primero que nada, porque crear la web app uno mismo si sharepoint por si solo realiza toda la configuracion necesaria. Segundo, ya revisaste desde la administracion central que todos los servicios esten arriba, has revisado en el ISS que el app 80 este activo?