La clave de la elección va a estar en encontrar la solución que te gestione el proceso principal de negocio.
Es decir:
"Oferta+planificación+aprovisionamiento+certificaciones+imputación tiempos+facturación",
el resto (finanzas, etc.) es bastante estándar. Probablemente todos os pongan alguno que han implantado en constructoras para gestionar avances de obra. En navision hay varios de estos
Navision: tendréis que complementar el producto con algún vertical/add-on que debería aportar el partner.
Axapta: que yo conozca no tiene ninguna referencia similar aunque la funcionalidad de base es bastante alta con lo que con poca adaptación cubrirá funcionalidades
SAP: Hay verticales pero os va a costar un riñón, sobre todo en servicios. No tanto, comparado con los otros, en licencias
A vuestra preselección yo añadiría Deister (está implantado en ingenierías y hay una solución vertical bastante buena) y Agresso (NO EKON) que está orientado a empresas de servicios que trabajan bajo proyecto