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Hola, sanv.
Creo que te estás confundiendo un poco. Si lo que deseas es una aplicación de e-learning olvídate de programas CMS de propósito general como Joomla!, Typo3, etc. Necesitas un Learning Management Systems (LMS)
o un Learning Content Management System (LCMS), que son herramientas...
La web que te ha recomendado Ernesto, http://www.opensourcecms.com/, es muy buena para hacerte una idea del funcionamiento de distintos CMS en lenguaje PHP. Pero como te dije en mi respuesta anterior, además del propósito para el cual quieras utilizar el CMS debes plantearte si tienes...
Lo primero de todo, ¿el mejor para qué?
Lo segundo, ¿tienes libertad para elegir la plataforma o estás constreñido a determinados lenguajes de programación, bases de datos, servidores web, etc.? Porque has citado ejemplos de Java, PHP, Python...